Das Zusammenführen von Kategorien und manuellen Tags ist nicht möglich. 

Du kannst aber bei den Kategorien diejenigen stummschalten (deaktivieren), die du nicht verwenden möchtest: 

• auf iOS: 'Einstellungen' > 'Kategorien & Tags' > 'auf der Kategorie nach links wischen und auf ‚Stumm‘ klicken'
• auf macOS: 'Verwalten' > 'Kategorien & Tags' > 'Häkchen entfernen'